По традиции считается, что в этом месте находилось языческое святилище богини Милды (Мильды). Предполагается, что на месте нынешнего храма уже во времена Ягайло был построен деревянный костёл, сгоревший в 1594 году. В 1609—1616 годах было выстроено новое, также деревянное, здание. Оно было разрушено во время войны 1655—1661 годов.

В 1668 г. М. К. Пацас начал строительство нового каменного костела по проекту итальянского архитектора Яна Заоро и плану Г. Фредиани. В 1676 г. строительные работы были завершены.
Внутренней отделкой храма занялись скульпторы Джованни Галли из Рима и Петро Перти из Милана. Перти работал над фигурами и головами, а Галли – над цветами и орнаментом. Вместе они создали 2000 фигур. Кисти итальянского художника Мартина де Альто Монти принадлежат фрески. Костел освящен в 1701 г. Основатель костела отдал его в ведение Латеранских каноников, которые в 1676-1682 гг. основали при костеле большой монастырь. В 1864 г. в монастырском помещении были устроены казармы, и каноникам пришлось отсюда удалиться. М. К. Пацас, скончавшийся в 1682 г., согласно его завещанию был захоронен под самым порогом костела. На плите было высечено: «Hic iacet peccator» («Здесь покоится грешник»). Когда в XVIII в. ударом молнии плита была рассечена, ее замуровали в стену у входа в храм. В 1803 г. скульпторы Никола Пиано и Джовани Беретти из Милана взялись за обновление костела. Они начали строительство главного алтаря, но, по истечении средств финансирования, строительство алтаря прекратили, и завершили лишь костёльную кафедру, построенную в форме корабля. Хотя костел много раз реставрировали, он сохранился без каких-либо существенных изменений. Во время Второй мировой войны, в 1942 г., костел был заметно поврежден. В 1944-1946 гг. восстановлен его центральный купол. В 1954 г. кзёндз Миколас Тарвидас перекрыл кровлю. В 1968 г. в храме проведено отопление. В 1964-1974 гг. отреставрирована внешняя сторона костела, в 1984 г. и его внутренняя часть. Костел Свв. Апостолов Петра и Павла является жемчужиной барокко.

В главном алтаре костела находится картина Смуглявичюса. В левой части пресбитерии в алтаре стоит чудотворная фигура Иисуса «Ecce homo» («Вот человек»), перенесенная сюда из костела Господа Иисуса (на ул. Антакальнё), после превращения его в церковь. Эту фигуру вильнюсским триниторам в 1700 г. прислал из Рима папа Иннокентий XII. С правой стороны находится картина с изображением Христа называемго "тёмным". В 1902 г. она была размещена над портретом Пацаса, а на ее месте поставлена фигура Св. Франциска.

В левой нефе находится алтарь с картиной Милостивой Божьей Матери, это копия картины, оригинал которой находится в Италии. Эту картину привез Юргис Тишкевичюс и подаренной костелу во время эпидемии чумы 1653 г. Костел входит в число немногих, которые не были закрыты. Здесь некоторое время покоились мощи Св. Казимераса, из Архикафедры Базлики. В часовню Св. Казимираса они были возвращены в 1989 г.

Часовни:

Левая сторона:

1. Часовня Св. Августина
2. Королевская часовня
3. Крещальня (у входа)

Правая сторона:

1. Часовня Св.Уршулы
2. Рыцарская часовня
3. Малая часовня Ротонды (у входа)

Vytautas Šiaudinis