В 1323 г. князь Гедеминас пригласил монахов францисканцев. Позже, в 1364 г. литовский вельможа Гоштаутас (Гастольд, Гаштолд, Гоштовт), пригласив 14 францисканских монахов, даровал дома и помог им обосноваться. По отъезду Гоштаутаса, монахи были убиты и сброшены в реку Вильняле. Через некоторое время Гоштаутас вновь позвал монахов францисканцев, но поселил их в другом месте, а здесь построил небольшой костел в честь Господнего Креста. Этот костел горел уже в 1524 г. В 1635 г. здесь обосновались священники бонифратры. Они построили свой костел, основали одноименный монастырь, открыли больницу и приют для душевнобольных. Позже бонифратры задействовали костел Гоштаутаса под монастырское помещение. В 1737 г. костел сгорел, в 1748 г. был восстановлен его внутренний интерьер: построены шесть алтарей и костёльная кафедра в стиле барокко, в этом же стиле был отстроен фасад и здание монастыря.
После того, как в 1843 г. бонифратры были упразднены, здесь осталось только их представительство. Внутри костела находился чудотворный источник (колодец). Согласно легенде источник неожиданно открылся рядом со статуей, Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии. Высоко, над главным алтарем расположен чудотворный крест. Ниже помещена картина Пресвятой Девы Марии с Младенцем, прикрытая серебристым покрывалом. Происхождение картины неизвестно. Можно предположить, что ее написали в XVII в. С 1914 по 1924 гг. в костеле проводились службы для учеников литовских школ. Здесь, например, молились ученики с учителями гимназии Витаутаса Великого А. Стульгинскисом, А. Сметоной, П. Граяускасом, М. Багдонасом, М. Биржишкой. Во время польской оккупации Вильнюса богослужения здесь были прекращены и на литовском языке проводились только в костеле Св. Николая.

В Советское время костёл было переоборудован под Малый концертный зал.

В 1992 г. костел был возвращен Вильнюсскому архиепископству и отреставрирован. В нем осталось только 4 алтаря. Рядом с костелом основан Мариинский монастырь, находящийся в ведении архиепископства. Сегодня здесь служит ксендз. Й. Миндер, прибывший из Бразилии.

Vytautas Šiaudinis