Костел основал Великий князь Литовский Иогайла в 1387 г., но строительные работы были завершены лишь к 1423 г. Это был приходской костел города. В 1571 г. запущенное здание было отдано иезуитам, которые в 1580-1586 гг. его удлинили и увеличили в размере. В 1737 г. здание горело, но после пожара было полностью реконструировано по проекту архитектора Иоганна Кристофа Глаубица. Интерьер украшают 23 чудесные алтаря стиля барокко и костёльная кафедра, в экстерьере – величественный фасад с западной стороны и восточный фронтон. В костёле находится 18 скульптур работы Йозапаса Геделиса, 12 из них – Иоаннов. В конце 1773 г. костел отошел иезуитам, и вплоть до 1812 г. принадлежал Медицинской академии Вильнюсского университета.
Только с закрытием академии костел опять стал приходским. При ремонте костела в 1827 г. архитектор Каролис Подчашинскис разрушил 13 боковых алтарей, костёльную кафедру и заштукатурил многие фрески. С южной стороны была пристроена неоклассическая паперть с коринфскими колоннами и портиком. Архитектор снес высокую каменную ограду, отделяющую храмовое здание с колокольней от ул. Шв. Йоно. Полагают, что колокольня костела была построена в 1608 г. и реконструирована в 1743 г. Высота колокольни 68 м, над ней возвышается крест высотой 6,2 м.

В костеле имеются три нефы. Рядом с колоннами на консолях стоят статуи святых, большей частью работы скульптора Йонаса Геделиса. В главном алтаре находятся статуи папы Св. Иоанна I, Благословенного Иоанна кардинала Патриарха, Св. Иоанна Няпамукского канонника и Св. Иоанна епископа чудотворца. За главным алтарем – алтарь Марии Лоретской со статуей Девы Марии, слева – статуи Распятия Христа, Св. Казимира, Св. Иосифа и Св. Игната, справа – алтари в честь Скорбящей Божьей Матери, Св. Архангела Николая, Свв. Апостолов Петра и Павла и Франциска Ксавера.

Vytautas Šiaudinis