Первый костел стоял на месте бывшего литовского святилища. Пригласив монахов францисканцев в 1469 г., Казимиерас Иогайлайтис выделил им земельный участок под строительство монастыря и костела. Деревянные здания сгорели во время пожара. Каменный костел был построен рядом с костелом Св. Анны. В 1500 г. из-за слабых укреплений рухнула часть стен и сводов уже почти завершенного храма. В 1512-1513 гг. монастырь и костел были выстроены практически заново. Однако, во второй половине XVI в. костел был значительно увеличен. В 1594 г. он был освящен. В 1655 г. костел был сожжен. В 1677 г. вновь восстановлен.

Несмотря на то, что костел много раз перестраивался, он сохранил признаки средневекового строительства. В храме было 14 алтарей, построенных в XVIII в. в стиле рококо. Сохранился главный алтарь, построенный в 1710 г. За алтарем находятся хоры для монахов, с украшенными сиденьями. Слева – алтарь с картиной Божьей Матери, которую в 1598 г. из Рима прислал папа Клемент VIII . В храме две часовни. Одна из них часовня Св. Николая, построенная в 1600 г., другая, построенная в 1632 г. – освящена в честь Трех Королей.

Внутри находятся памятники Пятрасу Веселовкису и его внукам, поставленный в 1634г., Владиславу Тишкевичу, а также гроб Симона Кирялиса, убитого в 1592 г., и памятник маршалу Великого Княжества Литовского Станиславу Радвиле, умершему по пути в Рим в 1599 г. Есть также несколько меньших памятников. Достойна внимания церковная кафедра 1690 г. В 1864 г. указом царских властей монастырь был закрыт, а в здании устроены казармы. После того, как был надстроен второй этаж, монастырь утратил свой древний облик.

По правую сторону костела стоит колокольня – сооружение 1874 г., имитирующее готические формы. Два ряда ступеней, перегороженных стеной, соединяют колокольню с построенной в 1617 г. часовней: слева - мраморные ступени с реликвиями, а справа – простая лестница. Их в 1746 г. заложили Йонас и Марийона Милкевичюсы, захороненные позже под этой часовней. В 1812 г. часовня была разрушена, но в 1920 г. она была заново восстановлена. После Второй мировой войны костел был закрыт.
В 1992 г. костел вернули монахам бернардинцам, в 1994 г. он был освящен.

Vytautas Šiaudinis